Царський уряд ставився до Запорізької Січі з упередженням і підозрою. Проте військовий потенціал запорожців, їх роль в охороні кордонів змушувала Росію деякий час миритися з існуванням Січі. Крім того, Росія використовувала її як противагу Гетьманщині. Хоча Запорізька Січ була підпорядкована безпосередньо російській адміністрації, вона залишалася центром притягання усіх пригноблених і волелюбців. Січ підтримувала міцні зв'язки з іншими регіонами України — Гетьманщиною, Слобожанщиною. Перший нищівний удар завдав Січі Петро І, коли кошовий отаман Кость Гордієнко із своїми прибічниками перейшов до Мазепи. У 1709 p. Січ було зруйновано. Запорожці, які втекли від помсти царя, прийняли зверхність кримського хана і заснували поблизу Херсона, біля гирла Дніпра, так звану, Олешків-ську Січ. Тут вони існували у тяжких умовах, у повній ізоляції від України.

Нова Січ. В 1734 p. імператриця Анна Іоанівна на прохання гетьмана Апостола дозволила запорожцям, які втекли від переслідувань Петра І, повернутися і заснувати Нову Січ на річці Базавлук (Підпільна) поблизу Нікополя. Вона розташовувалася за декілька кілометрів від Старої Січі. Повернення було скріплене договором між запорожцями царським урядом. Його було укладено в 1734 р. у Лубнах за зразком гетьманських статей. Усіх запорожців було амністовано. Січі поверталися землі, якими вона володіла до 1709 p., підтверджувалося її автономне становище, право козаків жити за своїми традиціями. Росія зобов'язувалася щороку виплачувати запорожцям 20 тис. крб. за несення ними військової та сторожової служби.

Спочатку Нова Січ перебувала у підпорядкуванні Київського генерал-губернатора (він же — головнокомандувач російськими військами, розташованими в Україні). У 1750 p. її було передано у безпосереднє підпорядкування гетьману. Це було зроблено з досить прозорої причини: Єлисавета прихильно ставилася до свого свояка гетьмана К.Розумовського та прагнула піднести престиж його посадового та суспільного становища. Проте Січ не вийшла з підпорядкування київського генерал-губернатора.

Росія зробила спробу використати запорожців у боротьбі проти гайдамаків, але це викликало болючу реакцію запорожців, котрі співчували і допомагали їм. Чимало запорожців, а іноді цілі загони (наприклад, загін Семена Гаркуші) брали участь у гайдамацькому русі. Керівник коліївщини Максим Залізняк був запорожцем. Ховаючись від переслідувань, гайдамаки тікали на Січ. Відомими є наміри О. Пугачева перетягнути запорожців на свій бік. Отже, волелюбний дух Запорізької Січі не був зламаний.

Нарешті, жах перед запорожцями, відраза до їх демократичних порядків, які не вписувалися в систему самодержавства, досягли критичної позначки. З серпня 1775 p. Катериною II був виданий маніфест. У ньому із цинічною відвертістю цариця пояснювала мотиви ліквідації Запорізької Січі, котра "не имеет права на существование из-за несамовитого управления злодейских умыслов. Она есть политическою потворою". На Запоріжжя вдерлися численні частини російської армії на чолі з генералом — угорцем Текелі. Вони трощили все навкруги, щоб виключити будь-яку можливість для нормального існування людей. Одним з найбільш енергійних ліквідаторів Січі був Г.Потьомкін (у 1772 p., свого часу прийнятий до запорізького товариства, де він одержав ім'я Грицька Нечеси).

Каратель Текелі оманою захопив у полон усіх запорізьких старшин, частину з яких було відправлено на заслання. Особливо постраждав кошовий Петро Калнишевський (Калниш) Багато років він провів у кам'яному мішку в Соловках, а потім постригся у ченці. Калнишевський помер у 1803 p., коли йому сповнилося 112 років.

Рядовим запорожцям було дозволено служити в козацьких полках чи записатися до селянства. За маніфестом від 3 серпня 1775 p. назва "запорожский казак" заборонялася. Територію Січі було приєднано до Новоросійської губернії.

Задунайська Січ. У 1775 p. п'ять тисяч запорізьких козаків втекли за Дунай. Вони прийняли турецьке підданство та поблизу Добруджі заснували Задунайську Січ за зразком Запорізької, її доля була тяжкою. Вона не тільки потерпала від Туреччини, яка не визнавала її автономії, а й примушувала разом із нею воювати проти єдиновірців — своїх братів — запорожців, усіх українців, росіян.

Руйнуванням Запорізької Січі було завдано чималих втрат збройним силам Росії. Уряд Росії особливо відчув це, коли готувався до чергової війни з Туреччиною. У 1784 p. він утворив із запорожців, які вціліли після каральної експедиції Текелі, Бузьке козацьке військо. Воно було розселене між Бугом і Дністром. У 1791 p. його перейменували на "войско верных черноморских казаков", яке очолив Потьомкін — "великий гетман". Після »юго смерті у 1792 p. військо було переведено на Кубань, на землі між азовським і Чорним морями. Тут склалася нова форма організації чорноморських козаків. Вони жили родинами по селах-станицях, вели індивідуальне господарство.